Setelah berpartisipasi dalam upacara pembukaan, Conan, Profesor Agasa, Ran, dan Detektif Cilik menikmati pemandangan dari dek observasi Bell Tree Tower dengan ketinggian 635 meter. Tiba-tiba,sebuah peluru menerobos jendela dan mengenai dada seorang pria, menyebabkan semua orang panik.
Conan tetap tenang dan menggunakan fungsi zoom pada kacamata pelacakan untuk mengikuti jejak peluru ke sumbernya. Di ujung lain, Conan melihat bayangan hitam. Conan dan Masumi Sera mengejar sniper yang melarikan diri dengan sepeda motor Masumi, tapi pengejaran berganti kekerasan ketika tersangka mencoba untuk meledakkan mobil patroli polisi. Bahkan FBI terlibat dalam pengejaran, tapi pelakunya akhirnya berhasil kabur.
Penyelidikan ternyata sampai pada pasukan Angkatan Laut khusus Amerika Serikat, Angkatan Laut SEAL dan mantan perwira militer AS lainnya yang bekerja di Jepang. Namun, ancaman pertama adalah hanya awal, karena lebih banyak orang yang ditembak, warga Tokyo panik! Apa arti dari kasus senapan dan dadu yang tertinggal? Saat penyelidikan berlangsung, Conan menjadi sasaran di bidik sniper, hanya saja dia diselamatkan oleh Masumi yang campur tangan, yang akhirnya menyebabkan Sera tertembak. Selain itu Shuichi Akai juga menjadi target. Jodie Starling dan Subaru Okiya juga terlibat disini. Akankah Shuichi Akai bertahan dan apakah Conan dapat menemukan pelakunya?
